A Escola Profissional de Arqueologia é constituída por diversos espaços dispersos pela aldeia de Freixo, toda ela organizada em torno da Igreja Paroquial, que está sobre a primitiva igreja Paleocristã.

A recuperação de alguns edifícios da aldeia permitiu aí instalar a sede da escola, usando todo o espaço classificado como “oficina” diária, respondendo às exigências da componente de formação em contexto de trabalho e também à legislação que rege os trabalhos arqueológicos em Portugal

O edifício sede é constituído pela sala de direção, secretaria, uma sala de informática, dois laboratórios e instalações sanitárias.

Outros edifícios da aldeia foram recuperados e adaptados para salas de formação, um laboratório de fotografia, uma biblioteca, uma sala de convívio para os formandos, um bar, uma cantina, e uma sala de sala de trabalho para os docentes.

Todas as salas de formação estão devidamente equipadas com mobiliário adequado, computador para o formador, quadros brancos ou quadros interativos e projetores multimédia.

Duas das salas possuem ainda computadores equipados com software adequado, ambas com acesso à Internet e 15 postos de trabalho.

Os laboratórios de conservação e restauro e fotografia/ vídeo destinam-se a aulas práticas, equipados com mobiliário e equipamento adequado às especificidades das áreas de formação e educação desenvolvidas na EPA (estiradores e cadeiras altas para desenho, bancadas de trabalho, lupas binoculares, equipamento fotográfico, etc).

Estando a EPA localizada na Estação Arqueológica do Freixo, onde se localizam as ruínas da cidade de Tongobriga, as próprias ruínas são oficinas de aula, servindo de local para lecionação de módulos técnicos, bem como o gabinete da estação arqueológica.

A biblioteca funciona num espaço repartido entre duas salas com cerca de 30m2, equipadas com manuais escolares das disciplinas das componentes sociocultural e científica, bem como mais de 4 mil livros, revistas e publicações científicas da área técnica. Além destes, o acervo da biblioteca comporta todas as Provas de Aptidão Profissional produzidas pelos formandos da escola, bem como as sebentas pedagógicas produzidas pelos formadores das áreas técnicas para cada módulo. A biblioteca possui ainda 5 computadores com acesso à internet.